Решением наблюдательного совета Внешэкономбанка Михаил Полубояринов назначен на должность члена правления, первого заместителя председателя госкорпорации.

С 2009 по 2011 год Полубояринов занимал должность директора департамента инфраструктуры ВЭБа, а с июля 2011-го был назначен заместителем председателя. С июля 2012 года — член правления, заместитель председателя Внешэкономбанка.