Премьер-министр РФ Виктор Зубков не удовлетворен эффективностью использования средств Инвестиционного фонда. Выступая на заседании правительства, он подчеркнул, что Инвестфонд является одним из крупнейших институтов развития по объему средств федерального бюджета: за 2007—2008 годы они превысят 300 млрд рублей. Хотя с момента образования фонда прошло «много времени», 2006—2007 годы, по мнению премьера, «можно считать потерянными», поскольку эффективность использования средств фонда была невелика.

Так, по данным Министерства регионального развития РФ, в 2007 году из 265 млрд рублей было освоено лишь 28,3 млрд рублей, и то они были направлены на увеличение уставного капитала Российской венчурной компании (25 млрд рублей) и в Фонд информационно-коммуникационных технологий (3 млрд рублей). На финансирование самих проектов было направлено лишь 1,8 млрд рублей.

В связи с этим Зубков призвал «без промедлений» приступить к практической разработке проектов, финансируемых из Инвестфонда. В числе мер по повышению эффективности использования средств фонда премьер назвал отбор проектов в соответствии с приоритетами и доступ к средствам фонда субъектов РФ. Среди приоритетов он указал лесную и рыбную отрасли, малую авиацию, водоснабжение, обеспечение контроля и мониторинга хода реализации проектов.