Пополняла свою карту 11.09 на 60 т.р. (15*4). После совершила 2 расходных операции на общей сумме на 29 999. Вопрос: даже без учета начального остатка, сколько должно остаться на карте? Ну логично же, никак не менее чем 30 001 р.

А вот как бы не так. На карте остался начальный остаток (который) я в примере не учитывала) и все. А 30 т.р бесследно испарились. В истории операций по карте их нет. 

И даже непонятно, то ли из 60 т.р. лишь 30 т.р. зачислили (хотя в личном кабинете Мегафона - оператора связи, видны все 4 пополнения по 15 т.р.), то ли двойные списания прошли.

Поддержка сначала отрицала проблему, потом начала предлагать ждать 14 дней. То есть Банк у меня взял 30 т.р. и ультимативно заявляет что вернет лишь через 14 дней.

Не, так дело не пойдет. Представитель банка, разберитесь, пожалуйста, в ситуации.