Накопительно-ипотечная система (НИС) жилищного обеспечения военнослужащих была разработана в 2004 году и введена в действие федеральным законом от 20 августа 2004 года № 117-ФЗ «О накопительно-ипотечной системе жилищного обеспечения военнослужащих». Работу  НИС обеспечивает Федеральное управление накопительно-ипотечной системы жилищного обеспечения военнослужащих (ФГКУ «Росвоенипотека»), созданное в ведении Минобороны России в 2006 году.

Участниками программы являются офицеры, окончившие военные образовательные учреждения или поступившие на военную службу по контракту (начиная с 2005 года), а также прапорщики и мичманы с общей продолжительностью военной службы по контракту не менее трех лет с 2005 года. Помимо этого, стать участниками НИС могут  старшины, сержанты, солдаты и матросы, несущие службу во второй раз, но не ранее 2005 года.

Для включения в НИС все военнослужащие, которые имеют право на добровольное вступление в программу, должны написать соответствующий  рапорт на имя командира части. После регистрации в служебном журнале рапорт и личные данные  военнослужащего направляются и регистрируются в реестре участников накопительно-ипотечной системы. Контроль и ведение базы осуществляют  Управление по реализации жилищных программ и Министерство обороны.

Вступившим в НИС участникам присваивается индивидуальный регистрационный 20-значный номер, для которого открывается накопительный счет для начисления выплат.  Этот номер остается неизменным в течение всего срока службы, в том числе при смене места службы.

Воспользоваться накопленными средствами военнослужащий может уже спустя три года с начала службы.  По программе «Военная ипотека» все накопленные средства на именном счете, а также собственные средства могут быть направлены в качестве первого взноса на квартиру. Дальнейшие обязательные платежи по ипотечному договору будут осуществляться тоже через данный накопительный счет.

В 2014 году размер накопительного годового  взноса на одного участника НИС установлен в сумме 233 100 рублей (в 2014 году ежемесячно на накопительном счете участника учитывается 19 425 рублей). Сумма ежегодно индексируется, в 2005 году она составляла всего 37 тыс. рублей.