Уголовное дело против руководства «Северной верфи» за угрозу срыва гособоронзаказа было возбуждено еще в 2011 году. Угроза возникла после того, как предприятие перечислило 5,9 млрд рублей бюджетных средств, выделенных на постройку судов, на спасение Межпромбанка, который в итоге осенью 2010 года был обанкрочен. Руководство предприятия обвиняли в том, что, отправив деньги в Межпромбанк, оно не приняло никаких мер для их возврата.
Дело было возбуждено по результатам прокурорской проверки, проведенной по поручению президента России, который потребовал навести порядок с выполнением гособоронзаказа страны на 2011 год.