Институциональная структура банковской системы Германии представлена трехуровневой моделью.

Первый уровень занимают Государственный банк Германии (бундесбанк) и банки федеральных земель. Бундесбанк осуществляет монетарную политику, направленную на обеспечение стабильности цен в еврозоне, банковский надзор и контроль. Банки федеральных земель представляют собой группу из девяти банков с государственным участием, расположенных по регионам, обслуживающих в основном крупных институциональных клиентов и являющихся головными организациями для сберегательных касс.

Второй уровень представлен деятельностью коммерческих банков: частных, общественно-правовых, кооперативных и с иностранным участием. Отличительной чертой немецкой банковской системы является то, что банки второго уровня в Германии осуществляют разнообразные операции: от универсальных до узкоспециализированных.  И хотя частные, общественно-правовые и кооперативные банки Германии  имеют различия в проводимой ими политике, однако специализации и связанного с этим «банковского разделения труда», как в Великобритании или Франции, не существует.

Ведущую роль в кластере частных банков играют четыре транснациональных крупнейших банка Германии, а именно: Deutsche Bank, Commerzbank, Unicredit Bank, Postbank. Помимо них, к частным банкам относятся региональные универсальные и специализированные банки: ипотечные, банки с дистанционной формой обслуживания, строительные кассы.

К общественно-правовым банкам относятся сберегательные кассы, которые обслуживают клиентов в границах одной федеральной земли, и их многочисленные отделения, а также региональные банки, принадлежащие федеральным землям. Именно эти кредитные организации являются основой государственного присутствия в немецкой экономике.  Они создавались для льготного кредитования местных производителей, посредством чего должны способствовать экономическому росту  своего региона. Именно по этой причине их задачей не является максимизация прибыли, и таким банкам разрешено осуществлять свою деятельность только в рамках своего региона. Данный кластер банков самый крупный по числу кредитных организаций в немецкой банковской системе, а его доля в совокупных активах немецкого банковского сектора на сегодняшний день составляет 50%.

Кооперативные банки придерживаются регионального принципа при осуществлении своей деятельности, поскольку, также как и сберкассы, не имеют права оказывать свои услуги на территории, не относящейся к месту их дислокации.

Ведущую роль в инновационном финансировании немецкой экономики играют банки развития. Немецкая банковская группа развития (KfW Bankengruppe) является ведущим стратегическим партнером немецкого правительства и крупнейших концернов Германии. Среди основных функций KfW – содействие развитию экономики, социальной обеспеченности и экологии в Германии, Европе и остальном мире. Для решения этих задач банковская группа разделена на несколько профильных банков: Банк развития малого и среднего предпринимательства; Банк содействия в сфере жилищного хозяйства, инфраструктуры, образования, социальных вопросов; Банк международного экспортного и проектного финансирования; Банк содействия развивающимся странам и странам с переходной экономикой. Банковская группа выступает консультантом немецкого правительства по приватизации государственных долей банков и финансовых организаций. Финансовую поддержку субъектам агропромышленного комплекса страны оказывает Сельскохозяйственный рентный банк.

Третий уровень немецкой банковской системы занимают учреждения микрофинансирования: сберегательные банки, строительно-сберегательные ассоциации, региональные общества кредитной кооперации и кредитные кооперативы.