АО НПФ «Атомфонд» зарегистрирован 21 июля 2015 года как правопреемник НКО НПФ «Атомгарант», основанного в 2002 году. Фонд работает по трём направлениям: негосударственное пенсионное обеспечение (НПО), обязательное пенсионное страхование (ОПС) и программа долгосрочных сбережений (ПДС). Единственный акционер, владеющий 100% акций, — некоммерческая организация НПФ «Атомгарант» (ИНН 7705002151). Уставный капитал составляет 160 млн рублей. В совете директоров представлены руководители ОАО «Концерн «Росэнергоатом» и других предприятий атомной энергетики и промышленности, что отражает корпоративный характер фонда.
НКО НПФ «Атомгарант» создан в 2002 году как корпоративный пенсионный фонд атомной отрасли. Среди его исторических заказчиков — предприятия Росатома: ФГУП «ПО «Маяк», ФГУП «Атомфлот», ФГУП «Приборостроительный завод». В июле 2015 года в результате реорганизации НКО путём выделения и преобразования зарегистрировано АО НПФ «Атомфонд» (ОГРН 1157700011347). В августе 2018 года НКО НПФ «Атомгарант» прекратил деятельность, окончательно передав функции двум правопреемникам: АО НПФ «Атомфонд» (atomfond.ru) и АО НПФ «Атомгарант» (npf-atom.ru).
Рейтинговое агентство «Эксперт РА» присваивало предшественнику — НКО НПФ «Атомгарант» — рейтинг ruAA со стабильным прогнозом (последнее подтверждение 27 июня 2018 года). После реорганизации рейтинг был отозван 20 июня 2019 года в связи с завершением срока действия. На текущий момент АО НПФ «Атомфонд» рейтингом агентства «Эксперт РА» не располагает. Фонд включён в оба реестра системы гарантирования АСВ — по ОПС и по НПО, и является членом НАПФ.
Фонд осуществляет деятельность на основании лицензии ЦБ РФ № 437, охватывающей НПО, ОПС и ПДС. Инвестирование средств пенсионных накоплений ведётся через управляющие компании-партнёры; ежедневный контроль состава и структуры активов осуществляет специализированный депозитарий. Ежегодно фонд проходит независимый аудит и актуарное оценивание. По объёму обязательств по НПО предшественник фонда занимал 14-е место среди российских НПФ, по количеству участников НПО — 12-е (данные ЦБ РФ на 31 марта 2019 года, объём активов на тот момент — 11,6 млрд рублей).