Банк основан в 1994 году. После 1998 года вошел в состав холдинга Балтийской строительной компании (БСК), где работал над развитием проектов, связанных, в основном, с железными и автомобильными дорогами. В тот период Трансстройбанк контролировал топ-менеджер БСК Игорь Найвальт. В мае 2006 года произошла смена акционеров и банк, несмотря на значительный отток средств, переключился на финансирование проектов в области недвижимости (таких как строительство гостиничных комплексов в Самаре, Санкт-Петербурге и Москве).